Setelah kemerdekaan berhasil diraih, PAFI bertransformasi menjadi organisasi yang fokus pada pembangunan kesehatan masyarakat. Ahli farmasi mulai memberikan edukasi tentang penggunaan obat yang benar, pengembangan obat-obatan lokal, serta mendukung program kesehatan pemerintah. Melalui kontribusi ini, PAFI menjadi bagian tak terpisahkan dari upaya meningkatkan kualitas hidup masyarakat Indonesia.